Zijn werk toont een groot natuurtalent. Hij combineerde de tekenstijl en de wijze van ordenen van beeldelementen van de schilders van de Haagse School en de Hollandse impressionisten met het coloriet van de Franse impressionisten tot een eigen herkenbaar handschrift met gevoel voor kleur en lichtval. De Jonge had de gave om zijn gekozen onderwerpen op een intieme, pretentieloze en bescheiden wijze te verbeelden, niet zelden door zijn werken subtiel te omsluieren door een vernevelend lichteffect. 

Veel van de schetsen die aan zijn aquarellen en schilderijen vooraf gingen zijn bewaard gebleven. Deze prachtige studies in potlood of krijt en vaak in combinatie met aquarel, zijn gemaakt in kleine schetsboekjes of op paneeltjes. Het betreft hier vrijwel altijd al autonome kunstwerkjes, maar die werden door hem in zijn atelier nog wel uitgewerkt tot olieverfschilderij of aquarel.

Het werk van De Jonge heeft charme door het aantrekkelijke tijdsbeeld dat hij aanreikt. Vooral op het Scheveningse strand en in het Haagse Bos vond De Jonge zijn inspiratie. Hij aquarelleerde en tekende talloze strandscenes: kinderen, in de weer met schepjes of pootje badend, moeders, gouvernantes en dienstmeisjes op het strand of zittend in rieten strandstoelen.  Maar ook het door hem verbeelde Haagse en Scheveningse leven, de scenes op straat, de parken, de vissersvrouwen, de portretjes, de werkende arbeiders met paarden en karren op het land en de verbeelde kleding van die tijd zijn prachtig weergegeven. Johan Antoni de Jonge onderschatte dan misschien wel zijn eigen kwaliteiten als kunstenaar, maar neemt de beschouwer wel degelijk op een zeer overtuigende en illustratieve wijze mee naar de verdwenen, aangename wereld van het fin de siècle.